Letak bangunan gedung Museum Wayang di Jl. Pintu Besar Utara No. 27. pada mulanya merupakan lokasi gereja tua yang didirikan VOC pada tahun 1640 dengan nama “ de oude Hollandsche Kerk “ sampai tahun 1732 yang berfungsi sebagai tempat untuk peribadatan penduduk sipil dan tentara bangsa Belanda yang tinggal di Batavia
Pada tahun 1733 gereja tersebut mengalami perbaikan, dan namanya dirubah menjadi “ de nieuwe Hollandsche Kerk “ dan berdiri terus sampai tahun 1808. Di halaman gereja ini yang sekarang menjadi ruangan taman terbuka Museum Wayang, di dalamnya terdapat taman kecil dengan prasasti-prasastinya yang berjumlah 9 ( sembilan ) buah yang menampilkan nama-nama pejabat Belanda yang pernah dimakamkan di halaman gereja tersebut.
